مناطق آزاد تجاری-صنعتی دارای پروتکل‌های اجرایی مختص به خود هستند که ترانزیت کالای صادراتی و وارداتی و به سرانجام رسیدن امور گمرکی با حداقل تشریفات را میسر می‌سازند. یکی از نهادهای مسئول در زمینه تعیین و صیانت از قوانین و مقررات این مناطق‌، شورای‌عالی مناطق آزاد تجاری-‌صنعتی و ویژه اقتصادی می‌باشد.

خوشه‌های صنعتی یکی از محوری‌ترین موضوعات در سیاست‌های اقتصادی صنعتی کشورها محسوب می‌شود. در سال‌های گذشته در کشورمان بحث توجه به صنایع کوچک و متوسط و توسعه خوشه‌های صنعتی مورد توجه قرار گرفته است، هرچند همچنان نیازمند حرکت‌های بنیادی و پایه‌ای و تعامل بیشتر دستگاه‌ها برای پیشبرد این موضوع در سطح کشور به‌ویژه مناطق آزاد است.

تاکنون گزارشات زیادی در این رسانه من‌باب بررسی مهم‌ترین مشکل مناطق آزاد یعنی عدم اجرای بخش مهم و زیادی از قوانین چگونگی اداره مناطق آزاد مصوب سال‌72 منتشر شده است؛ قوانینی که توسط دستگاه‌های اجرایی و دولتی نه تنها اجرا نشده، بلکه با اعمال محدودیت‌ها و ارسال بخشنامه‌های مختلف، شرایط سرمایه‌گذاری را برای فعالین اقتصادی این مناطق سخت‌تر کرده است.

مشاور رئیس‌جمهور و دبیر شورایعالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی، توجه به معیشت مردم هنگام اجرای هرگونه طرح اقتصادی، تولیدی و صادراتی را از اولویت‌های نخست مسئولان مناطق آزاد برشمرد.

مشاور رئيس‌جمهور و دبیر شورایعالی مناطق آزاد تجاری-‌صنعتی و ویژه اقتصادی گفت: در سطح ملی برنامه مدونی با استراتژی و به شکل راهبردی برای تمام مناطق آزاد در دست تهیه است تا در یک دوره کوتاه زمانی این مناطق را به ریل اصلی خود برگردانیم.