اگر بگوییم که مهم‌ترین چالش و مشکلات مناطق آزاد که باعث شد اهداف اولیه تعیین شده مناطق که تسهیل و تسریع در مسیر جذب و نگهداشت طرح‌های سرمایه‌گذاری و توسعه کشور بوده است، محقق نشود؛ به دلیل عدم اجرای بخشی عظیمی از همان قانون چگونگی اداره مناطق آزاد مصوب سال‌72 مجلس شورای اسلامی است، دروغ نیست. قوانینی که به‌واسطه دستگاه‌های اجرایی دولتی نه تنها اجرا نشدند، بلکه با انواع سنگ‌اندازی‌ها و مانع‌تراشی‌ها، محدودیت‌های بیشتری را برای سرمایه‌گذاران در مناطق آزاد کشور فراهم کردند.

بی‌تردید یکی از نخستین تصاویری که بعد از شنیدن مفهومی همچون مناطق آزاد تجاری-‌صنعتی در ذهن هر فرد مطلع یا غیرمطلعی نقش می‌بندد، مولفه معافیت مالیاتی بر کسب و کار و درآمد از هرگونه فعالیت اقتصادی و سرمایه‌گذاری در این مناطق است.

نزدیک به سه دهه پیش و پس از پایان جنگ تحمیلی، شرایط مشابه اوضاع کنونی، بر اقتصاد کشور حاکم شد؛ در آن زمان دولتمردان تصمیم گرفتند که برای خروج از رکود اقتصادی و در جهت کم‌رنگ کردن تحریم‌های وقت، مناطق آزاد تجاری-صنعتی را ایجاد نمایند.

سخن آخر را باید در ابتدای بحث مطرح کرد؛ مهم‌ترین برنامه کاری دبیر شورایعالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی براساس دو راهبرد اصلی و ساختاری است:

با آغاز به کار دولت یازدهم شاهد تخلفات عمده درخصوص صدور آیین‌نامه‌های متناقض با قوانین و مقررات مناطق آزاد بوده‌ایم. ورود و دخالت‌ها ارگان‌ها و سازمان‌های مختلف در امور مناطق آزاد، استقلال مدیران را سلب و شرایط را برای سرمایه‌گذاری فعالین اقتصادی سخت نمود.