مجلس شورای اسلامی در بررسی لایحه برنامه ششم توسعه طبق ماده23، دبیرخانه شورایعالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی را با حفظ شخصیت حقوقی مستقل و ضوابط و مقررات مربوطه، به وزارت امور اقتصادی و دارایی منتقل کرد و وزیر اقتصاد مسئول اجرای قوانین مربوط به حوزه مناطق آزاد تجاری-‌صنعتی و ویژه اقتصادی شد.

مدیرعامل سازمان منطقه آزاد انزلی بر این باور است که اعمال قانون مالیات بر ارزش افزوده به مناطق آزاد، نه تنها دارای نقض غرض قانونی بوده است، بلکه به نظر می‌رسد نمی‌توان به محدوده‌هایی که در ردیف دریافتی از محل منابع بودجه دولتی ندارند، مالیات بر ارزش افزوده را اعمال کرد.

عضو ناظر هیات رئیسه مجلس و عضو کمیسیون صنایع و معادن مجلس شورای اسلامی در نشست با جانشین مدیرعامل، معاونین و مدیران سازمان منطقه آزاد ارس گفت: حجم تلاش‌های انجام گرفته در منطقه آزاد ارس باعث شده که ارس در چند بعد بتواند به صورت متوازن رشد چشمگیری داشته باشد و این قابل تقدیر است.

قانونگذاران درخصوص مناطق آزاد و ویژه اقتصادی کشور جاذبه‌هایی را جهت سرمایه‌گذاری در این مناطق ایجاد کرده‌اند که یکی از آنها، معافیت‌های مالیاتی است. مضاف بر آن، برای اعمال این معافیت‌های مالیاتی زمان معینی در قانون پیش‌بینی شده است تا خطری واحدهای تولیدی را تهدید نکند و سرمایه‌گذاری به نتیجه مطلوب و تاثیرگذار برسد.

مشاور رئیس‌جمهور و دبیر شورایعالی مناطق آزاد تجاري-‌صنعتي و ويژه اقتصادي در نشست با فعالان اقتصادی منطقه آزاد ماكو، ضمن استماع مسائل و مشکلات سرمایه‌گذاران و فعالان اقتصادی منطقه گفت: با پیگیری‌های دبیرخانه و تیم ویژه در دبیرخانه شورايعالي، تلاش می‌کنیم مشکلات مالیاتی به حداقل برسد؛ ولی برای رفع مشکل مالیات بر ارزش افزوده در مناطق آزاد نیازمند همراهی مجلس هستیم.