اگر بگوییم که مهم‌ترین چالش و مشکلات مناطق آزاد که باعث شد اهداف اولیه تعیین شده مناطق که تسهیل و تسریع در مسیر جذب و نگهداشت طرح‌های سرمایه‌گذاری و توسعه کشور بوده است، محقق نشود؛ به دلیل عدم اجرای بخشی عظیمی از همان قانون چگونگی اداره مناطق آزاد مصوب سال‌72 مجلس شورای اسلامی است، دروغ نیست. قوانینی که به‌واسطه دستگاه‌های اجرایی دولتی نه تنها اجرا نشدند، بلکه با انواع سنگ‌اندازی‌ها و مانع‌تراشی‌ها، محدودیت‌های بیشتری را برای سرمایه‌گذاران در مناطق آزاد کشور فراهم کردند.

در راستای پیشبرد اهداف برنامه‌های مناطق آزاد تجاری-‌صنعتی و تعامل مستمر با نمایندگان خانه ملت به منظور وحدت رویه در تصمیم‌گیری‌های کلان برای این مناطق، نشستی با حضور جمعی از نمایندگان مجلس شورای اسلامی و مشاور رئیس‌جمهور و دبیر شورایعالی مناطق آزاد تجاری-‌صنعتی و ویژه اقتصادی برگزار شد.

بی‌تردید یکی از نخستین تصاویری که بعد از شنیدن مفهومی همچون مناطق آزاد تجاری-‌صنعتی در ذهن هر فرد مطلع یا غیرمطلعی نقش می‌بندد، مولفه معافیت مالیاتی بر کسب و کار و درآمد از هرگونه فعالیت اقتصادی و سرمایه‌گذاری در این مناطق است.

با آغاز به کار دولت یازدهم شاهد تخلفات عمده درخصوص صدور آیین‌نامه‌های متناقض با قوانین و مقررات مناطق آزاد بوده‌ایم. ورود و دخالت‌ها ارگان‌ها و سازمان‌های مختلف در امور مناطق آزاد، استقلال مدیران را سلب و شرایط را برای سرمایه‌گذاری فعالین اقتصادی سخت نمود.

مناطق آزاد با وجود محروم بودنشان و با نداشته‌هایشان در بحث زیرساخت شروع به‌کار کردند و در این مسیر کم و کاستی‌ها را به جان خریدند تا بتوانند به اهداف اولیه تاسیس مناطق آزاد دست یابند.