«مناطق آزاد مشمول پرداخت مالیات بر ارزش افزوده شدند!»‌‎ این خبر شوک بزرگی به فعالین اقتصادی در مناطق آزاد کشور وارد کرد؛ چراکه بزرگترین مزیت‌های قانونی این مناطق دستخوش تغییرات توسط نمایندگان مجلس شورای اسلامی قرار گرفته است.

مدیرعامل سازمان منطقه آزاد انزلی بر این باور است که اعمال قانون مالیات بر ارزش افزوده به مناطق آزاد، نه تنها دارای نقض غرض قانونی بوده است، بلکه به نظر می‌رسد نمی‌توان به محدوده‌هایی که در ردیف دریافتی از محل منابع بودجه دولتی ندارند، مالیات بر ارزش افزوده را اعمال کرد.

بی‌تردید یکی از نخستین تصاویری که بعد از شنیدن مفهومی همچون مناطق آزاد تجاری-‌صنعتی در ذهن هر فرد مطلع یا غیرمطلعی نقش می‌بندد، مولفه معافیت مالیاتی بر کسب و کار و درآمد از هرگونه فعالیت اقتصادی و سرمایه‌گذاری در این مناطق است.

رشد و توسعه اقتصادي، سرمایه‌گذاري، ایجاد اشتغال، حضور فعال در بازارهاي جهانی و منطقه‌اي، صادرات غیرنفتی، ایجاد اشتغال مولد و جلب و تشویق سرمایه‌گذاري داخلی و خارجی و صادرات مجدد مهم‌ترین اهدافی بود که منجر به تصویب «قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاري-صنعتی جمهوري اسلامی ایران» و «قانون تشکیل و اداره مناطق ویژه اقتصادي جمهوري اسلامی ایران» در سال‌هاي‌1372 و 1384 و مجموعه‌اي مقررات مرتبط با آن شد.

یک فعال حوزه اقتصادی در یادداشتی مناطق آزاد را ازجمله دستگاه‌هایی برشمرده که نقش مهمی در جذب سرمایه‌گذار و آبادانی این مناطق داشته است، ولی معافیت از پرداخت مالیات بر ارزش‌افزوده این مناطق، بهانه به دست برخی داده تا آن را در تضاد با منافع ملی بدانند.