به استناد ماده‌13 اصلاحی قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری-صنعتی و ویژه اقتصادی، اشخاص حقیقی و حقوقی که در منطقه به انواع فعالیت‌های اقتصادی اشتغال دارند، نسبت به هر نوع فعالیت اقتصادی در منطقه آزاد از تاریخ بهره‌برداری مندرج در مجوز به مدت بیست سال از پرداخت مالیات بر درآمد و دارایی موضوع قانون مالیات‌های مستقیم و مالیات بر ارزش افزوده معاف خواهند بود.

معاون تولید، صادرات و فناوری دبیرخانه شورایعالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی در واکنش به جریان اصلاح و حذف معافیت‌های مالیاتی در این مناطق گفت: چرا باید در شرایط موجود با حذف مشوق‌ها، سرمایه‌گذاران را فراری داده و به سمت فرش قرمزی که چند کیلومتر آن طرف‌تر برای آنها پهن شده سوق دهیم، آیا در بین این همه استثناء و معافیت از مالیات، فقط باید مناطق آزاد حذف شوند؟

پس از پیروزی انقلاب و عبور از دوران جنگ تحمیلی، دولت جمهوری اسلامی ایران براساس قوانینی که برای ایجاد مناطق آزاد از سوی قانونگذار وضع شده بود، اقدام به ایجاد هفت منطقه آزاد در نقاط مهم کشور با هدف ارائه خدمات ویژه به تولیدکنندگان و صنعتگران ازجمله معافیت 20ساله مالیاتی قابل تمدید، کاهش بروکراسی‌های اداری، جذب نیروی کار خارجی، صدور روادید ورود سرمایه‌گذاران برای مدت مشخص و... نمود.

رئیس هیات مدیره شهرک صنعتی شماره یک منطقه آزاد انزلی (بیش از 100واحد تولیدی در این شهرک مشغول فعالیت می‌باشند) با بیان اینکه تلاش به منظور حذف یا مشروط نمودن معافیت 20ساله فعالیت‌های اقتصادی در مناطق آزاد ضربه به اصل قانون مناطق آزاد و مغایر با شعار رونق تولید می‌باشد، اظهار داشت: آنچه که در مورد مناطق آزاد و ورود سرمایه‌گذاران به این مناطق حائز اهمیت است، وجود مزیت‌های قانونی خاص این مناطق می‌باشد و در این میان قانون معافیت مالیاتی 20ساله برای سرمایه‌گذاران، یکی از مهم‌ترین مزیت‌ها و مشوق‌ها در مناطق  جهت جذب سرمایه‌گذاران داخلی و خارجی به شمار می‌آید؛ امری که در قانون چگونگی اداره مناطق آزاد و ویژه اقتصادی در قالب ماده‌13 صراحتا  قید گردیده و در برنامه پنجم و ششم توسعه کشور نیز بر آن تاکید شده است.

دبیرخانه شورایعالی مناطق آزاد تجاری-‌صنعتی و ویژه اقتصادی توضیحاتی پیرامون تحلیل مرکز پژوهش‌های مجلس درباره معافیت مناطق آزاد تجاری-‌صنعتی از نظام مالیات بر ارزش افزوده ارائه کرد.