مشکلات و محدودیت‌های مناطق آزاد چالشی است که رسیدن به نقطه مطلوب و توسعه مناطق و به تبع آن پیشرفت سرزمین اصلی را سخت کرده است؛ مشکلاتی از قبیل نبود زیرساخت‌ها که امکان سرمایه‌گذاری را پایین می‌آورد، نداشتن استقلال مالی و اداری‌، نبود ثبات مدیریتی و سلیقه‌ای عمل کردن متولیان امر، نبود مشوق‌های سرمایه‌گذاری، عدم اجرای کامل قوانین چگونگی اداره مناطق آزاد و‌...؛ و اینها موانعی است که در دو، سه سال اخیر مسیر توسعه را برای مناطق آزاد کشور بیش از گذشته ناهموار کرده است.

مشاور رئیس‌جمهور و دبیر شورایعالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی گفت: شفاف‌سازی در امور، فعالیت‌ها و عملکردها، یکی از ارکان اصلی حرکت مناطق آزاد به سمت توسعه اقتصادی پایدار است.

یکی از مهم‌ترین رسالت‌های مناطق آزاد، تولید و سرمایه‌گذاری و به دنبال آن پیشرفت اقتصادی در سرزمین اصلی است. همچنین یکی دیگر از ماموریت‌های محوله به مناطق آزاد، توسعه صادرات مجدد کشور می‌باشد، به طوری که ورود کالا بدون تغییر یا با تغییرات جزئی همراه بوده و سپس متعاقبا از آنجا صادرات صورت بگیرد.

رئیس هیات مدیره و مدیرعامل سازمان منطقه آزاد قشم در دیدار با احمد مرادی نماینده مردم استان هرمزگان در مجلس شورای اسلامی و اعضای کمیته تحقیق و تفحص از سازمان منطقه آزاد قشم گفت: مناطق آزاد می‌توانند به موتور محرکه تولید، صادرات و اشتغال پایدار در کشور بدل شوند.

نیازی به واگویه کردن این واقعیت نیست که مقام معظم رهبری از دهه هشتاد تاکنون بارها در شعارهای سالیانه خود که حکم نقشه راه عمل و اندیشه‌ورزی در کشور بوده، اقتصاد و مباحث مترتب برآن را مورد توجه قرار داده‌اند، اما در این میان سال‌۱۴۰۰ به دلیل انتخاب سه مفهوم که برای فعالین اقتصادی و سازمان‌های عامل مناطق آزاد بیش از پیش ملموس بوده، قابل تمایز است. یعنی «تولید، پشتیبانی‌ها و مانع‌زدایی‌ها»؛ سه حوزه‌ای که بیشترین دغدغه و نیاز این بنگاه‌های اقتصادی را به خود اختصاص داده است.