مجلس شورای اسلامی در بررسی لایحه برنامه ششم توسعه طبق ماده23، دبیرخانه شورایعالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی را با حفظ شخصیت حقوقی مستقل و ضوابط و مقررات مربوطه، به وزارت امور اقتصادی و دارایی منتقل کرد و وزیر اقتصاد مسئول اجرای قوانین مربوط به حوزه مناطق آزاد تجاری-‌صنعتی و ویژه اقتصادی شد.