به واقع یکی از مهم‌ترین وظایف دبیرخانه شورایعالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی که در دوران مرحوم هاشمی رفسنجانی و پس از ایجاد مناطق آزاد تشکیل یافت، هماهنگی، نظارت و صیانت از قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری-صنعتی و ویژه اقتصادی بود تا با اجرای تمام و کمال این قانون، علاوه بر حفظ مزیت‌های مناطق، به افزایش جذب سرمایه‌گذاری در کشور خصوصا سرمایه‌گذاری‌های خارجی منتج گردد و در این مسیر نظارت بر عملکرد سازمان‌های مناطق آزاد نیز از امور حائز اهمیت بود، ضمن آنکه ایجاد تعامل و هماهنگی مطلوب و مستمر با رئیس شورای عالی که همان رئیس‌جمهور است و انتقال موارد و موضوعات به اعضای شورای عالی که همان وزرا می‌باشند، از اساسی‌ترین وظایف محوله به این دبیرخانه بود.