شاید اصلی‌ترین مشکل این است که از همان ابتدا مناطق آزاد اولیه در ایران با مدل درستی طراحی نشدند؛ این مناطق با وجود محروم بودنشان و نداشتن زیرساخت‌ها شروع به کار کردند. اینکه براساس مدل‌های جهانی زیرساخت‌های لازم در مناطق آزاد ایجاد نشد، می‌تواند بخش اصلی مشکلات فعلی مناطق آزاد باشد.