یکی از مهم‌ترین مشکلاتی از ابتدای تاسیس تاکنون در مسیر توسعه کلان اقتصادی در مناطق آزاد شاهد آن بوده‌ایم، عدم تفویض اختیارات وزارتخانه‌‌ها و سازمان‌های دولتی به سازمان‌های مناطق آزاد است؛ این درحالی است که در بند‌(الف) ماده‌۶۵ قانون احکام دائمی برنامه‌های توسعه کشور، به صراحت بر ضرورت اجرای این قانون تاکید شده است.