مناطق آزاد ایران در طول دهه‌90، در معرض چالش‌های ساختاری و مفهومی زیادی قرار گرفتند که اگر بخواهیم نقطه عطف این چالش‌ها را بیان کنیم، قطعا تصویب ماده‌23 قانون برنامه ششم توسعه می‌باشد. با تصویب این ماده در مجلس دهم به بهانه افزایش نظارت‌پذیری؛ مناطق آزاد وارد گردونه‌ای از مشکلات شدند که حتی آنها را از مسیر اصلی خودشان منحرف کرد و مخاطبین‌شان را (فعالین اقتصادی و سرمایه‌گذاران بخش‌های مختلف اقتصاد مناطق آزاد) از آینده این مناطق به کلی ناامید نمود.

طی چندین سال گذشته دعوای مناطق آزاد و گمرک جمهوری اسلامی ایران در مورد حدود اختیارات و دامنه دخل و تصرفات این دو دستگاه دولتی در امر واردات و صادرات «به» و «از» مناطق آزاد همانند آتش زیر خاکستر عمل نموده است. در این دعوا، سلاح مناطق آزاد و سپرشان قانون و فلسفه وجودی مناطق، یعنی آزادی است و در مقابل گمرک، با تیغ تیز و زهر‌آلودی بنام «قاچاق» تاکنون پیروز بوده است.

اولین و آخرین جلسه شورای‌عالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی در دولت سیزدهم، اواخر آبان‌ماه سال‌1400 برگزار گردید. در این جلسه دکتر سیدابراهیم رئیسی رئیس جمهوری اسلامی ایران و رئیس شورای‌عالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی کشور در سخنان مبسوطی عنوان کرد: مناطق آزاد کشور باید به مرکز صادرات‌، رونق تولید و ارتباطات مالی ایران تبدیل شوند.