در اهمیت جایگاه رئیس‌جمهور در فعالیت مناطق آزاد همین بس که ایشان رئیس یکی از مهم‌ترین شوراهای میان نهادی ساختار حکومتی کشورمان است که در قانون اساسی به آن اشاره‌ای نشده «شورای عالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی»، که نهادی برای هم‌افزایی همه نهادهای درگیر اجرای مزایا و معافیت‌های قانونی مناطق آزاد است.