مناطق آزاد در حال حاضر با مشکلات و چالش‌هایی روبه‌رو هستند که در تقابل با ذات و رسالت آنهاست و این امر موجب کند شدن حرکت و عدم تحقق برنامه‌ها و در نهایت دور ماندن از ماموریت اصلی مناطق آزاد شده است. در ذیل به برخی از چالش‌های مرتبط با واحدهای تولیدی اشاره شده است.