یکی از مهم‌ترین چالش‌هایی که مناطق آزاد با شروع به کار مجلس یازدهم و در کشاکش‌های تعادل قدرت میان نمایندگان این دوره از مجلس با آن دست به گریبان بودند، مطرح کردن طرح اصلاح قانون مناطق آزاد می‌باشد.