درحالی که از نیمه‌دوم سال‌۱۴۰۱ با اجرایی شدن ماده‌۲۳ قانون برنامه ششم توسعه کشور، وزارت امور ‌اقتصادی و دارایی به عنوان متولی مناطق آزاد شناخته مطرح می‌شود؛ بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران‌ که از نهادهای زیرمجموعه وزارت اقتصاد می‌باشد؛ با صدور بخشنامه‌ای، اعطای هرگونه ارز دولتی (نیمایی) به تجار و صنعتگران مناطق آزاد را تحریم نموده است!

رئیس هیات مدیره و مدیرعامل سازمان منطقه آزاد قشم، نبود زیرساخت‌ها در زمان تاسیس و آغاز به‌کار مناطق، تغییر برخی قوانین و ابلاغ دستورالعمل‌های متعدد، شیوه مدیریت مناطق در دولت‌های قبل و مدیریت چندگانه را، مهم‌ترین عوامل پیش‌روی عدم توسعه در مناطق آزاد کشور دانست.