طی چندین سال گذشته دعوای مناطق آزاد و گمرک جمهوری اسلامی ایران در مورد حدود اختیارات و دامنه دخل و تصرفات این دو دستگاه دولتی در امر واردات و صادرات «به» و «از» مناطق آزاد همانند آتش زیر خاکستر عمل نموده است. در این دعوا، سلاح مناطق آزاد و سپرشان قانون و فلسفه وجودی مناطق، یعنی آزادی است و در مقابل گمرک، با تیغ تیز و زهر‌آلودی بنام «قاچاق» تاکنون پیروز بوده است.