مناطق آزاد تجاری-صنعتی دارای پروتکل‌های اجرایی مختص به خود هستند که ترانزیت کالای صادراتی و وارداتی و به سرانجام رسیدن امور گمرکی با حداقل تشریفات را میسر می‌سازند. یکی از نهادهای مسئول در زمینه تعیین و صیانت از قوانین و مقررات این مناطق‌، شورای‌عالی مناطق آزاد تجاری-‌صنعتی و ویژه اقتصادی می‌باشد.