معاونت اجرایی رئیس‌جمهور پیشنهاد داد، دبیر شورایعالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی به‌عنوان نماینده ویژه رئیس‌جمهور در امور اجرایی مناطق آزاد و ویژه، تعیین و عزل و نصب مدیران این مناطق هم به وی واگذار شود.

سخن از ماده‌65 قانون احکام دائمی برنامه‌های توسعه کشور است؛ ماده قانونی که دستگاه‌هاي اجرایی را موظف و مکلف می‌کند که اختیارات خود در محدوده مناطق آزاد، به مدیران عامل سازمان‌هاي مناطق آزاد تفویض نمایند؛ چراکه طبق قانون، مدیران عامل مناطق آزاد به نمایندگی از دولت، بالاترین مقام اجرایی در منطقه متبوع خویش محسوب می‌شوند و کلیه وظایف و مسئولیت‌های دستگاه‌های اجرایی دولتی به جز نهادهای دفاعی و امنیتی برعهده آنان است.