مدیرعامل سازمان منطقه آزاد انزلی بر این باور است که اعمال قانون مالیات بر ارزش افزوده به مناطق آزاد، نه تنها دارای نقض غرض قانونی بوده است، بلکه به نظر می‌رسد نمی‌توان به محدوده‌هایی که در ردیف دریافتی از محل منابع بودجه دولتی ندارند، مالیات بر ارزش افزوده را اعمال کرد.

تفسیر قانون مناطق آزاد توسط مسئولین و تصمیم‌گیران کشور تا حدود زیادی نسبت به قانون مصوب متفاوت است؛ قانون که در سال‌1372 به تصویب مجلس محترم شورای اسلامی رسیده و تمامی موضوعات مربوط به مناطق آزاد کشور را به خوبی لحاظ کرده است.

مشاور رئیس‌جمهور و دبیر شورایعالی مناطق آزاد تجاري-‌صنعتي و ويژه اقتصادي در نشست با فعالان اقتصادی منطقه آزاد ماكو، ضمن استماع مسائل و مشکلات سرمایه‌گذاران و فعالان اقتصادی منطقه گفت: با پیگیری‌های دبیرخانه و تیم ویژه در دبیرخانه شورايعالي، تلاش می‌کنیم مشکلات مالیاتی به حداقل برسد؛ ولی برای رفع مشکل مالیات بر ارزش افزوده در مناطق آزاد نیازمند همراهی مجلس هستیم.

نماینده مردم کرمان و راور و رئیس کمیسیون اقتصادی مجلس شورای اسلامی از برگزاری دومین نشست مشترک اعضای کمیسون اقتصادی مجلس شورای اسلامی با دبیرخانه شورایعالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی خبر داد‌‌.

اگر بگوییم که مهم‌ترین چالش و مشکلات مناطق آزاد که باعث شد اهداف اولیه تعیین شده مناطق که تسهیل و تسریع در مسیر جذب و نگهداشت طرح‌های سرمایه‌گذاری و توسعه کشور بوده است، محقق نشود؛ به دلیل عدم اجرای بخشی عظیمی از همان قانون چگونگی اداره مناطق آزاد مصوب سال‌72 مجلس شورای اسلامی است، دروغ نیست. قوانینی که به‌واسطه دستگاه‌های اجرایی دولتی نه تنها اجرا نشدند، بلکه با انواع سنگ‌اندازی‌ها و مانع‌تراشی‌ها، محدودیت‌های بیشتری را برای سرمایه‌گذاران در مناطق آزاد کشور فراهم کردند.