با عنایت به این‌که مناطق آزاد تجاری-صنعتی در ایران بدون هزینه‌کرد دولتی تاسیس شده و در طول این سه‌دهه از ردیف بودجه دولتی بهره‌مند نشده‌اند، باید تاکید کرد که اعطای معافیت‌های مالیاتی از ابزار موثر در هدایت سرمایه‌گذاری و رشد فعالیت‌های اقتصادی در مناطق آزاد تجاری-صنعتی می‌باشد. معافیت مالیاتی مناطق آزاد، نه تنها فراتر از نحوه عمل در سطوح عملیات، بنگاه و حتی صنعت و کسب و کار خاص است، بلکه یک رژیم مالیاتی در قلمرو اقتصادی مستقل از حوزه اقتدار قانون مالیات‌های مستقیم تلقی می‌گردد.

مشاور رئیس جمهور و دبیر شورایعالی مناطق آزاد تجاری-‌صنعتی و ویژه اقتصادی با اشاره به مشکلات زیرساختی منطقه آزاد اروند گفت: حاکمیت دوگانه در آبادان و خرمشهر باعث نارضایتی مردم شده است.

رئیس شورای هماهنگی فعالان اقتصادی مناطق آزاد گفت: به دلیل کوچک بودن مناطق آزاد و داشتن حریم محدود و مشخص، جایی برای پنهانکاری مالیاتی از سیستم ندارند.

بی‌تردید تفسیر قانون مناطق آزاد توسط مسئولین و تصمیم‌گیران کشور تا حدود زیادی نسبت به قانون مصوب متفاوت است؛ قانون مصوبی که در سال‌1372 به تصویب مجلس محترم شورای اسلامی رسیده و تمامی موضوعات مربوط به مناطق آزاد کشور را به خوبی لحاظ کرده است؛ با این وجود این روزها شاهد فعل و انفعالات زیادی در حوزه‌های مختلف تصمیم‌گیر و تصمیم‌ساز در مقابل مناطق آزاد هستیم که مسلما هیچ منفعتی از این قبیل موارد، عاید طرفین نخواهد شد و فقط و فقط باعث دلسرد شدن سرمایه‌گذاران و فعالین اقتصادی در این مناطق از کشور و همچنین شاهد رکود بیشتر فعالیت در سال جهش تولید در مناطق آزاد خواهد شد.

در تاریخ 3‌دهه‌ای فعالیت مناطق آزاد در عرصه اقتصاد ملی و از زمانی که قانون مناطق آزاد در سال‌72 و سپس در سال‌86 بازنویسی و جهت اعمال از سوی رئیس مجلس به دولت ابلاغ گردید؛ تاکنون آنچه در انتقاد از مناطق آزاد در عرصه رسانه‌ای، سیاسی و کارشناسان مطرح می‌شد، حول اتهاماتی چون سکوی قاچاق و واردات شدن و انتقاد به عدم دستیابی به اهداف متمرکز بود. انتقاداتی که عملکرد مناطق را در دستیابی به اهداف قانونی و شیوه‌نامه‌ای که مناطق باید براساس آن عمل می‌کردند، مورد توجه قرار می‌داد.