مجلس شورای اسلامی در بررسی لایحه برنامه ششم توسعه طبق ماده23، دبیرخانه شورایعالی مناطق آزاد تجاری-صنعتی و ویژه اقتصادی را با حفظ شخصیت حقوقی مستقل و ضوابط و مقررات مربوطه، به وزارت امور اقتصادی و دارایی منتقل کرد و وزیر اقتصاد مسئول اجرای قوانین مربوط به حوزه مناطق آزاد تجاری-صنعتی و ویژه اقتصادی شد.
به گفته معاون اقتصادی دبیرخانه شورایعالی مناطق آزاد تجاری-صنعتی و ویژه اقتصادی، اگر لایحه مالیات بر ارزش افزوده به تصویب مجلس برسد، شاهد سونامی فرار سرمایهگذاران در سال آینده خواهیم بود.
مشاور رئیسجمهور و دبیر شورایعالی مناطق آزاد تجاری-صنعتی و ویژه اقتصادی بر لزوم تغییر نگاهها به مناطق آزاد و ویژه اقتصادی تاکید کرد و گفت: این مناطق مرکز واردات و قاچاق نیستند.
پس از رأی اعضاء مجمع تشخیص مصلحت نظام مبنی بر تصویب هفت منطقه آزاد تجاری-صنعتی «مهران» در استان ایلام، «سیستان» در استان سیستان و بلوچستان، «بانه-مریوان» در استان کردستان، «بوشهر» در استان بوشهر، «اردبیل» در استان اردبیل، «اینچهبرون» در استان گلستان و «قصرشیرین» در استان کرمانشاه، مسئولیت راهاندازی این مناطق و پیوستن آنها به هشت منطقه قبلی، در دستورکار دبیرخانه شورایعالی قرار گرفت.
براساس بند(ش) تبصره(6) لایحه بودجه پیشنهادی سال1401، تقدیم شده از سوی رئیسجمهور به مجلس شورای اسلامی درخصوص عوارض و مالیات در سال1401، مناطق آزاد تجاري-صنعتی و ویژه اقتصادي مشابه سرزمین اصلی مشمول پرداخت مالیات بر ارزش افزوده (وي.اِي.تی) شدند؛ موضوعی که در قانون بودجه1400 نیز به تصویب رسیده بود!